| 回次 | 年(年度) | 参加校数 | 出場校 | 結果 |
|---|---|---|---|---|
| 14 | 1931年度 | 12 | 長崎師範 | ベスト8 |
| 16 | 1933年度 | 12 | 長崎師範 | 準々決勝（初戦） |
| 17 | 1935年度 | 12 | 長崎師範 | 1回戦 |
| 18 | 1936年度 | 14 | 海星中 | ベスト4 |
| 20 | 1938年度 | 16 | 海星中 | ベスト8 |
| 21 | 1939年度 | 16 | 瓊浦中 | 1回戦 |
| 22 | 1940年度 | 16 | 長崎師範 | 1回戦 |
| 32 | 1953年度 | 16 | 島原 | ベスト8 |
| 33 | 1954年度 | 20 | 島原 | 2回戦（初戦） |
| 34 | 1955年度 | 20 | 島原 | 2回戦（初戦） |
| 35 | 1956年度 | 25 | 島原商 | 2回戦（初戦） |
| 36 | 1957年度 | 25 | 島原商 | 1回戦 |
| 37 | 1958年度 | 26 | 島原商 | ベスト8 |
| 38 | 1959年度 | 26 | 島原商 | 1回戦 |
| 39 | 1960年度 | 26 | 島原商 | ベスト8 |
| 40 | 1961年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 41 | 1962年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 42 | 1963年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 43 | 1964年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 44 | 1965年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 47 | 1968年度 | 16 | 島原工 | 1回戦 |
| 48 | 1969年度 | 16 | 島原工 | 1回戦 |
| 49 | 1970年度 | 16 | 島原商 | 1回戦 |
| 52 | 1973年度 | 28 | 島原商 | 1回戦 |
| 53 | 1974年度 | 28 | 島原商 | 2回戦 |
| 54 | 1975年度 | 29 | 島原商 | ベスト8 |
| 55 | 1976年度 | 31 | 島原商 | 1回戦 |
| 56 | 1977年度 | 31 | 島原商 | ベスト8 |
| 57 | 1978年度 | 32 | 島原商 | 2回戦 |
| 58 | 1979年度 | 32 | 島原商 | ベスト8 |
| 59 | 1980年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 60 | 1981年度 | 48 | 島原商 | 2回戦 |
| 61 | 1982年度 | 32 | 島原商 | 1回戦 |
| 62 | 1983年度 | 48 | 島原商 | 3回戦 |
| 63 | 1984年度 | 48 | 島原商 | 優勝 |
| 64 | 1985年度 | 48 | 平戸 | 2回戦（初戦） |
| 65 | 1986年度 | 48 | 国見 | 準優勝 |
| 66 | 1987年度 | 48 | 国見 | 優勝 |
| 67 | 1988年度 | 48 | 国見 | ベスト8 |
| 68 | 1989年度 | 48 | 国見 | ベスト4 |
| 69 | 1990年度 | 52 | 国見 | 優勝 |
| 69 | 1990年度 | 52 | 鎮西学院 | 2回戦 |
| 70 | 1991年度 | 48 | 国見 | ベスト4 |
| 71 | 1992年度 | 48 | 国見 | 優勝 |
| 72 | 1993年度 | 48 | 国見 | 準優勝 |
| 73 | 1994年度 | 48 | 国見 | 3回戦 |
| 74 | 1995年度 | 48 | 国見 | 2回戦 |
| 75 | 1996年度 | 48 | 国見 | ベスト8 |
| 76 | 1997年度 | 48 | 国見 | 3回戦 |
| 77 | 1998年度 | 48 | 国見 | 2回戦 |
| 78 | 1999年度 | 48 | 国見 | 2回戦 |
| 79 | 2000年度 | 49 | 国見 | 優勝 |
| 80 | 2001年度 | 48 | 国見 | 優勝 |
| 81 | 2002年度 | 48 | 国見 | 準優勝 |
| 82 | 2003年度 | 48 | 国見 | 優勝 |
| 83 | 2004年度 | 48 | 国見 | ベスト4 |
| 84 | 2005年度 | 48 | 国見 | 3回戦 |
| 85 | 2006年度 | 48 | 国見 | 1回戦 |
| 86 | 2007年度 | 48 | 島原商 | 1回戦 |
| 87 | 2008年度 | 48 | 長崎日本大学 | 2回戦 |
| 88 | 2009年度 | 48 | 国見 | 2回戦 |
| 89 | 2010年度 | 48 | 国見 | 2回戦（初戦） |
| 90 | 2011年度 | 48 | 長崎日本大学 | 2回戦（初戦） |
| 91 | 2012年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 3回戦 |
| 92 | 2013年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 1回戦 |
| 93 | 2014年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 1回戦 |
| 94 | 2015年度 | 48 | 長崎南山 | 2回戦（初戦） |
| 95 | 2016年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 2回戦 |
| 96 | 2017年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | ベスト8 |
| 97 | 2018年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 3回戦 |
| 98 | 2019年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 1回戦 |
| 99 | 2020年度 | 48 | 創成館 | 3回戦 |
| 100 | 2021年度 | 48 | 長崎総合科学大附 | 3回戦 |
長崎県｜全国高等学校サッカー選手権大会歴代出場校
